In questo periodo  non sono più possibili i trasporti di ordine umanitario (dei quali si occupava la sua organizzazione) come quelli costituiti da cibo e coperte, poiché il transito dalla Svizzera alla Spagna, attraverso la Francia coinvolta nel conflitto, diviene impraticabile. Successivamente, con la caduta di Barcellona, inizia dalla Spagna l’esodo di donne, uomini e bambini. Oltre 100.000 persone, repubblicani e vittime del regime franchista, lasciano il Paese alla volta della Francia, attraversando a piedi i Pirenei,  dove verranno accolti nei campi per rifugiati (Argeles, St.Cyprien, Rivesaltes) presidiati da truppe senegalesi e circondati da doppio filo spinato, e con il regime  di Vichy presto divengono campi di concentramento. 

In questo periodo Elisabeth si reca spesso in Svizzera dove, all’interno della sua organizzazione “pacifista”, decide di divenire infermiera volontaria; ritornata all’estero ben presto si rende conto della drammatica situazione in cui versano soprattutto le donne incinte ed i bambini nei campi offerti dalla Francia che sono senza acqua ed elettricità, inoltre il freddo, la fame e le catastrofiche condizioni igieniche mietono vittime, la mortalità infantile sale fino al 95%. Cerca così di dar loro rifugio in una piccola casa diroccata nella Francia meridionale, che appare più confortevole di un campo di concentramento. Elisabeth chiede aiuto e finanziamenti alla sua associazione, perché appare subito chiaro che c’è necessità di fondi per iniziare l’impresa, dopo aver individuato successivamente una grossa villa a tre piani a Elna,  in stato di abbandono, la casetta diroccata è troppo piccola per i suoi obiettivi umanitari.

L’ organizzazione svizzera accetta ed i primi aiuti serviranno per installare energia elettrica, così nel dicembre 1930 le prime otto donne spagnole possono dare alla luce i loro bimbi. L’infermiera incomincia ad effettuare un’opera di accoglimento che prevede una sorta di “ricovero” quattro settimane prima del parto  ed un soggiorno di un mese per il puerperio.

Tra il 1940 ed il 1941 nascono fino a 30 bambini al mese, è questo il periodo di maggior attività. La scuola svizzera di infermieristica può inviare solo due o tre infermiere ogni sei mesi, non sono presenti medici nella “maternità”. La sua organizzazione  si affilia alla Croce Rossa  Internazionale nel 1942, il lavoro apparirebbe  facilitato, ma gli aiuti sono comunque appena sufficienti per occuparsi delle donne in stato di gravidanza. 

Tutte le donne, incinte o nel puerperio, aiutano nel mantenimento della casa, dell’orto e nell’accudimento degli animali da cortile. Nel frattempo Elisabeth fa pressione sulle autorità francesi affinché le condizioni dei campi per rifugiati possano avere una zona adatta alle donne incinte per ricevere cibo e sostegno, una sorta di transizione, prima di trovar rifugio nella sua “maternità” e che  le donne, dopo la gravidanza, sono costrette a lasciare per far ritorno nei campi di concentramento.

Nel novembre 1942 la Germania occupa il sud della Francia, gli ebrei vengono perseguitati, nei campi vicino Elna vengono deportati anche alcuni zingari ed ebrei. Elisabeth inizia un lavoro di “scambio” di nomi presso le anagrafi francesi falsificando, nei suoi registri di nascita, quelli dei bambini ebrei venuti alla luce nella  casa di accoglienza, qualche volta li tiene nascosti nella “maternità” mettendo a rischio anche la propria vita.

Nel 1944 la casa viene chiusa dalle truppe tedesche, ma si stima che 597 bambini siano nati nella “maternità di Elna” salvati dal conflitto e dai rastrellamenti dei nazisti.

Elisabeth continuerà la sua opera umanitaria in Austria, dal 1946 al 1975, occupandosi dei bambini figli dei rifugiati fuggiti dai paesi del regime sovietico. 

Oggi Elisabeth Eidenbenz ha 95 anni e risponde con lucidità all’intervista della giornalista spagnola Assumta Modellà che le ha dedicato un libro dal titolo “La maternidad de Elna”. Elisabeth sostiene di non aver fatto niente di speciale, ma che  “… la mia più grande soddisfazione è stata quella di aver creato un’isola di pace in mezzo all’inferno. Sono stata fortunata per aver potuto fare quello che era necessario fare… ”. La giornalista catalana è riuscita ad incontrare circa 197 dei “bambini” nati nella casa di Elna, ed ora ormai adulti sessantenni, e che hanno espresso la loro gratitudine ad Elisabeth.

Nell’aprile 2007 la regina di Spagna Sofia ha onorato l’infermiera con una medaglia di merito all’Ordine Civile.

Il 15 maggio del 2007 Elisabeth è stata inoltre insignita, in Francia,  con il titolo di Cavaliere dell’Ordine Civile della Legione d’Onore e considerata tra le donne e gli uomini “giusti”.